税务行政诉讼是纳税人或其他税务行政行为的利益相关人不服税务局做出的具体行政行为或者不作为，侵犯其合法权益，而向法院申请进行合法性审查的争议处理程序。属于司法机关对行政机关的外部监督程序。
与税务行政复议相比，行政诉讼能够更加全面地审查税务机关行政行为的主体合法性、更加重视证据充分性、程序合法性、适用依据的合法性等。而中国税务机关由于法治历史短，大量行政行为都存在依据不合法（依据不明确或者依据是税务局自己发的文件）、不遵守法定程序、不注意证据收集等问题。因此税务行政诉讼中税务局败诉比例高达50%以上。
但是在中国现行的行政诉讼制度下，行政诉讼对于解决税务争议具有如下缺点：
一是受案范围狭窄。法院不受理单纯对抽象行政行为的起诉，意味着纳税人对税务机关滥发红头文件、违法变更纳税人权利义务的行为不能直接起诉；而且当税务局以自制的红头文件为依据做出具体行政行为，纳税人起诉并指控“依据违法”时，法院即使审查发现该红头文件违法，也只能做出不采纳该文件依据的决定，而不能对该文件做出确认违法的判决。
二是审查范围狭窄。法院只审查税务行政行为的合法性，和纠正明显不公正的行政处罚，而不审查税务行政行为的其他合理性。而税务总局大量通过发布红头文件来扩大纳税人义务、缩小纳税人权利，法院“为了维护行政秩序的稳定”，对大部分税务机关实体性违法没有判决能力或者将其视为行政自由裁量权而放弃审查权。
三是法官税收实体法素质低。大部分基层法院行政庭法官几乎无法听懂各种税收实体争议内容，对实体法争议只能采取回避态度。
四是效率不高。实践中法院经常违反规定超期不判，一起诉讼动辄半年一年。
实践中，如果税务经理判断争议中的税务局主体违法、程序违法、缺少证据等比较明显，以及涉及税收实体法较少的行政许可争议、行政不作为争议等，行政诉讼较为有效；但对纳税实体性争议、罚款合理性争议、滥发“红头文件”等，不能对行政诉讼效果寄予过高期望。但是，对于税务局对纳税人的“偷税”认定，无论结果怎样，行政诉讼都是纳税人不能随意放弃的程序权利。
本章指导各公司正确行使税务行政诉讼权，解决税务争议。
考虑到税务行政诉讼的技术复杂性，一般应由集团公司总部税务律师与有行政诉讼经验的执业律师共同负责，依据《行政诉讼法》及其他司法解释执行。
