然而，超市企业目前具备对接成功的所谓优势，恰恰也是制约“农超对接”进一步发展的桎梏。
事实上，超市企业能多大程度地参与到“农超对接”中去、且能取得多大成效，关键还在其生鲜经营的能力和水平。
因为，如果企业的门店数量不多、销售规模不够，就算开展“农超对接”，也不会在采购价格、数量及品种上有太多话语权，往往陷入被动，影响企业经营。对这些超市企业而言，反而不如与供应商联营，至少可以赚取到联营扣点的利润。
而且，生鲜食品有其特殊性，仅有采购基地还不够，关键是抓好食品进入超市的中间环节，但多数中小超市企业都没有完善的物流配送中心，就算有也非常小，不能支持生鲜商品的及时、有效配送。在这方面，能做到家家悦和永辉这样在生鲜商品上有独到经营能力的屈指可数。家家悦按照标准化生产、工业化管理、连锁化经营、社会化配送的要求，对农副产品进行统一集散、加工、储存、交易和运输，形成生产基地、批发市场、生鲜配送的一条龙产业链，真正实现生鲜产品“早上在田里，中午在店里，晚上在锅里”。家家悦还配备了高标准冷链系统，对农产品从加工、仓储、运输到销售实行全过程、全封闭冷链控制，保证农产品的最佳品质和消费安全，降低农产品的损耗。
事实上，超市企业只有通过建设自己的物流中心，做到采购、检验、加工、冷链配送统一进行，才可进一步降低成本，体现价格优势。然而，一些超市企业热衷于“农超对接”，却往往由于物流等配套设施跟不上，而导致到最后是徒有虚名。
当然，超市企业都想有自己的配送中心，但是投入太大。规模小的企业根本没有能力去建设自己的农业生产基地和现代化的综合物流中心，前期投入成本太大。还有人员配置、仓库的选择以及员工培训等问题都难以解决。这些超市虽然有意向去做“农超对接”，却心有余而力不足，只能选择与当地供应商合作，因为供应商都是当地有实力的企业，具备一定的物流配送能力，可解决企业在这方面的短板。
在采购“买手”问题上，很多超市企业就更露怯了。可以说，以生鲜经营制胜市场的永辉超市让绝大多数同行可望而不可及。如在采购海鲜商品时，永辉可以直接把采购船开进海中向渔船直接采购。为了运输海鲜鱼类等活物，永辉自购专业运输车直接运送。而在水果采购中，永辉常常是把整个果园包下，自己进行水果的等级分捡，低等级的放进卖场做促销。另外，类似永辉这样的企业，对于生鲜在卖场经营中的促销方式、损耗控制等，都有太多的独到之处，能够极大限度地减少“产地—门店—顾客”的生鲜农产品产业链的中间环节，降低物流、仓储和损耗成本。仅举一例：永辉在全国20多个大型批发市场都有自己的“档口”，这些档口既有采购职能，又能同时对外运营，不仅可满足自身门店的需求，还能辐射其他商家，其商品采购价格甚至可以影响批发市场商品批发的价格指数。这是很多超市企业短时间内根本学不来的，很多超市企业的采购目前基本上都还停留在“坐商”阶段，等着供应商送货上门，不具备自采的业务能力。
上述这些都是当前制约超市企业进一步深化“农超对接”的因素。
不过，我国零售业发展迅猛，用20年的时间走过了发达国家100多年的路程，各种业态遍地开发。其中，连锁百强10多年来连续保持着两位数的增长幅度，2009连锁百强销售规模达到1.36万亿元，同比增长13.5%。百强企业门店总数达到13.7万个，门店总数增长18.9%。百强企业的销售额已占社会消费品零售总额的11%。
这意味着很多超市企业会在几年之内迅速成长，大幅提升经营管理水平，达到初步掌控供应链的能力，“农超对接”将会有更大的发展空间。
