据台湾“中央社”报道，由于“淘宝网台湾分公司”被台湾“经济部”认定为“股东结构申报不实”，同时“陆资股东具有实质控制能力”，对阿里巴巴罚款24万元新台币（约合4.87万元人民币），并限期6个月停止或撤回投资。
此前的3月2日，在阿里巴巴宣布计划在台湾设立100亿新台币（约合20.31亿元人民币）投资基金的同一天，台湾《联合报》报道称，台湾“经济部”要求阿里巴巴支付12万元新台币（约合2.44万元人民币）的罚款，并撤出中国台湾市场，因该机构认为阿里巴巴涉嫌隐瞒其中国内地企业的身份，利用在新加坡注册的公司进入中国台湾市场。
当时台湾方面发言人表示，虽然主管部门也怀疑过两者有关系，但阿里巴巴台湾分公司坚称是新加坡资金。去年阿里巴巴在美国上市，台湾主管部门取得原始股东等进一步资料后，以此确认阿里巴巴台湾分公司与中国内地的阿里巴巴是同一集团。因此，台湾主管部门向阿里巴巴开出12万元新台币（约合2.44万元人民币）罚单。
而阿里巴巴方面此前对界面新闻记者回应称，新加坡阿里巴巴电子商务股份有限公司是于开曼群岛注册的阿里巴巴网络有限公司的全资子公司，而阿里巴巴在2008年按照当时主管机关的相关法规，走正常流程以外商身份在台湾成立分公司，开展阿里巴巴B2B国际站面对供应商的业务，一切遵照合法程序进行。
在2015年2月15日中国国家外汇管理局发表的《2014年中国跨境数据流动监察报告》中，特别说明“阿里巴巴不含在我境内企业境外上市统计中”，这也意味着阿里巴巴在某些统计领域被界定为“境外公司”。
此次台湾有关机构发言人认为，加上淘宝网到台湾设分公司是在2009年6月开放“陆资来台”之后，属于“明知故犯”，因此罚金加倍到24万元新台币（约合4.87万元人民币），限期6个月停止或撤回投资。关于是否可以重新申诉，该发言人表示，只要符合许可，其他内地投资人仍有权利申请，但最终是否能通过，还需要相关部门的审核决定。
该发言人强调，一般台湾消费者主要是在内地淘宝网购物，并不是通过台湾分公司，后者主要是负责客服工作。
《华尔街日报》中文网此前评论认为，这件事不太可能对阿里巴巴产生显著影响，因为阿里巴巴的核心业务仍在中国内地，而中国台湾市场仅为Alibaba.com带来逾14万名用户，但该交易平台于2012年在全球逾240个国家与地区拥有约3600万名注册用户。
该发言人此次也表示，“淘宝网台湾分公司”主要负责客服工作，有助于保护台湾消费者利益，后续会考虑这一因素。
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