1、消费者素质低下，有些损耗难以降到最低
超市损耗中的一大部分由于易腐易变质商品被毁损后，又变成孤儿商品，因此难以被发现，而成为超市的损耗；另一部分是易碎商品因消费者自身原因导致破损或破碎形成的损耗。这些损耗的降低主要应从消费者入手，对消费者进行某种程度的约束，但要在不侵犯消费者的正常权利的原则下，进行约束和管理，通过尝试一些新的规则框架下对顾客进行管理。
2、损耗管理中的员工素质问题
超市损耗管理中应划区派专人负责孤儿商品的入群管理，比如，有装袋的鸡蛋或鲜鱼在刚被变成孤儿商品时，损耗管理员就马上将其整理如群，放入群体中，并将损坏的除去。而目前有专人防损员的超市很少，这是损耗没有得到很大改观的一大原因。其次，有些超市尽管实行了专人负责管理的制度，但这些专人员工的素质问题就成为困扰管理者的问题。超市划区派专人负责管理孤儿商品，尤其是易腐易变质的商品，这些员工就成了损耗管理中的成本，而这些员工的责任心和素质太低，并没有对这些损耗进行及时地妥善处理，因此，这部分损耗依然居高不下。
3、对损耗的认识错位，损耗管理没有针对性
对于损耗管理，一般超市主要是对于偷盗（内盗盒外盗）的管理，而对于其他种类的损耗重视不够，或者根本没有引起重视，这种错位的片面的认识导致超市没有分门别类的采取具有针对性的措施和策略，而对于偷盗的管理策略和对于其他种类损耗来说，肯定是毫无用处的。因此，损耗管理成效不明显。
4、损耗管理中的技术性问题
一般超市付款都是统一付款，消费者选择好所有商品，一次性在出口付款；或者有些大超市分两层，一层一个付款的地方，消费者在每一层购物后付款；也有一些超市式将洗浴用品有专门的付款台，其他也是在出口处统一付款。但还很少有超市将易腐易变质易破损商品，挑选好以后就付款。这些商品具有特殊的性能，由于消费者一般在大超市采取集中购物，会很多种商品，这些特殊商品，需要特殊的保管。这些管理中的技术性问题急需解决。
