按照超市生鲜经营商品分类状况，生鲜商品成本核算面临的问题各不相同，大致可以分为三种情况：
1、自制生产加工产品
超市生鲜区自制生产加工的产品包括熟食制品、半成品配菜、面点和大众主食厨房类产品，还有肉禽类产品和少量水产品，按照加工方式不同主要包括两大类：
组合加工类生鲜商品：主要指熟食制品、半成品配菜、面点和大众主食厨房类产品等，由于需要使用各种相关原料经过加工生产流程转化为某一固定产品，成本也随产品经过“由多到一”的组合过程，所以称为组合加工类生鲜商品。因每个单品的原材料配方、加工方法和产品生命周期不同，与同类竞争产品的价格可比性不大，很容易形成差异化经营优势并取得较高的销售毛利，因此它是生鲜经营重点发展的经营项目之一。
分拆加工类生鲜商品：主要指肉禽类和水产品等，相对完整的屠体进场后要经过分割成为特定的销售单品定价销售，成本随产品经过“由一到多”的分解过程，因此称为分拆加工类生鲜商品。由于是顾客购买频率最高的基本生鲜品类，价格敏感度比较高，在生鲜商品结构上也比较容易出现同构化倾向，但它却是超市生鲜区必须经营而且必须经营好的重要项目。
2、蔬果类农产品
由于生鲜区中部分水果蔬菜品种随行就市，价格波动和变化较大，顾客对价格的敏感程度较高，需要经常做出价格反应，反应越及时迅速，因调价速度而产生的核算难度和工作量就越大；另外因保质期短，损耗极易发生且频繁出现，损耗随时记录有难度，所以果蔬商品管理水平对成本核算也有一定影响。
3、供应商商品
供应商商品主要包括供应商制作的面包、点心和日配商品，由于可以作为标准化产品进行正常的采购谈判，其成本核算与控制相对容易把握。
目前生鲜经营的平均毛利相对较高，其中又以自制生产加工产品的毛利最高，而成本核算的难点也恰恰在这些品类上，现就组合加工类和分拆加工类生鲜商品成本核算的主要问题介绍如下：
组合加工类生鲜商品是以自制面包和主食厨房产品；熟食和半成品配菜等加工部门为主，在成本“由多到一”的转化组合过程中，加工生产过程的标准化程度对成本核算的准确性有着至关重要的作用，自制面包、主食厨房产品和半成品配菜由于配方和加工生产的标准化程度较高，只要标准配方制定出来，制作过程管理到位，其成本核算可以相对稳定，并能够将损耗和误差控制在可接受的范围之内。而熟食中的中式熟食和快餐等品种，由于从配方到生产制作过程的标准化程度不高，受制作人员操作的影响比较大，下料和配方误差导致成本核算的浮动性较大，因此始终是个管理难题。
加工制作标准化问题并不是超市生鲜区所独有，实际上在国内快餐和餐饮行业中已经为此争论了多年，西式麦当劳连锁快餐店标准化运作和中式餐饮非标准的个性化风格体现之间的争论，实际上反映了各自饮食文化上的差异。但对于强调管理规范和标准化的连锁超市经营来讲，生鲜加工的标准化是规模化连锁经营和提高管理水平的基本前提。
分拆加工类生鲜商品多集中于肉类部和水产部，在成本核算上主要问题一方面受到来自生鲜供应链上游非标准化商品原料的影响比较大，例如猪源在品种和等级上能否保持稳定性；另一方面是操作人员在分拆加工时作业标准化程度；最后是准确的、与市场价格相适应的“由一到多”的成本分配模型，只有这三个方面都能得到有效控制，分拆加工类生鲜商品成本核算的误差才能变得可以把握。
